Dzimis Kobeljarovo ciemā protestantu mācītāja un skolotāja ģimenē. Mācījās skolās Rozņavā, Dobšinā un licejā Kežmarokā. No 1815. līdz 1817. gadam studēja Jēnas universitātē. Atgriežoties no Jēnas, mēnesi pavadīja Prāgā, kur iepazinās ar Josefu Dobrovski. No 1817. līdz 1819. gadam strādāja par skolotāju Bratislavā (tolaik Presburgā), kur uzturēja kontaktus ar Františeku Palacki. Trīspadsmit gadus, no 1819. līdz 1833. gadam bija ģimnāzijas direktors un skolotājs Novisadā (mūsdienās Serbijā). No 1833. gada līdz savai nāvei dzīvoja Prāgā, strādādams Prāgas universitātē.
Pavels Jozefs Šafāriks pēc uzskatiem pieskaitāms panslāvistiem. Savā darbībā centās tuvināt Bohēmijas, Morāvijas un Slovākijas (tolaik Augšungārijas) slāvus (mūsdienu čehus un slovākus). Vēstures un etnogrāfijas darbos jūtama romantisma ietekme. Pētījumos citu starpā balstījās uz mūsdienu uzskatos viltotiem avotiem jeb t.s. Zelenas Horas rokrakstu (rukopis zelenohorský) un Dvurkrāloves rokrakstu (rukopis královédvorský). Pazīstamākais Šafārika darbs ir 1837. gadā publicētais Slovanské starožitnosti, pirmā lielā grāmata par Habsburgu impērijas slāvu vēsturi un kultūru.
Vikikrātuvē par šo tēmu ir pieejami multivides faili. Skatīt: Pavels Jozefs Šafāriks.