Otrā pasaules kara sākumā 1939. gadā bija pret plānoto iebrukumu Lielbritānijā.
Pēc vairākām neveiksmēm karadarbībā 1943. gada maijā demisionēja, bet par Kara flotes komandieri tika iecelts zemūdens spēku komandieris Kārlis Dēnics. Kara beigās 1945. gadā E. Rēderu apcietināja Sarkanā armija un nosūtīja uz Maskavu. Tiesāts Nirnbergas prāvā, piespriesto mūža ieslodzījumu izcieta Špandavas cietumāBerlīnē. Viņa sieva, ar daudzu kara flotes veterānu atbalstu, organizēja vairākas kampaņas Rēdera atbrīvošanai. 1955. gadā veselības stāvokļa dēļ viņu atbrīvoja no ieslodzījuma.
Pēc atbrīvošanas dzīvojis Ķīlē, kur arī miris 1960. gada 6. novembrī.