Mūsdienu Jaunjelgavas pagasta teritorija vēsturiski ietilpa Jaunjelgavas pilsētas sastāvā.[nepieciešamaatsauce] 1957. gada 7. janvāri tika izveidota Jaunjelgavas lauku teritorija,[3] kurā iekļāva Sērenes ciemu un no Jaunjelgavas pilsētas atdalīto skraji apbūvēto dienviddaļu.[nepieciešamaatsauce] 1992. gada 2. aprīlī Jaunjelgavas lauku teritoriju reorganizēja par Sērenes pagastu,[4] bet 1996. gada 29. maijā Jaunjelgavai pievienoja daļu Sērenes pagasta teritorijas kā Jaunjelgavas pilsētas lauku teritoriju.[5] 2010. gadā Jaunjelgavas lauku teritoriju pārdēvēja par Jaunjelgavas pagastu.