Rakstiskajos avotos apdzīvotās vietas nosaukums Kapoša (latīņu: Copus) pirmo reizi minēta 1009. gadā. No 1555. līdz 1686. gadam Kapošvāra bija Osmaņu impērijas pakļautībā. 1749. gadā Kapošvāra kļuva par Somoģas meģes administratīvo centru. 19. gadsimta otrajā pusē cauri Kapošvārai izbūvēja dzelzceļa līnija, kas savieno Budapeštu ar Zagrebu. 1942. gadā ieguva pašvaldības statusu. 1950. un 1973. gadā Kapošvāras pilsētas platība tika paplašināta, pievienojot apkārtējās teritorijas. Kopš 1993. gada ir Kapošvāras bīskapijas centrs.