Pirms spāņu ierašanās Vigana bija nozīmīga tirdzniecības pilsēta; tās vārds cēlies no tajā dzīvojušo ķīniešu tirgotāju dotā nosaukuma 美岸 (bí-gān), kas dienvidminu dialektā nozīmē ‘Skaistais krasts’. Spāniskā interpretācijā tas pārvērtās par Viganu. 1572. gadā spāņu kolonizatori tirdzniecības pilsētiņas vietā dibināja savu apmetni, ko nodēvēja par Fernandinu (Villa Fernandina de Vigan) par godu karaļa Filipa II dēlam Ferdinandam. Vigana kopš dibināšanas sākotnēji kopējās Ilokosas provinces, bet no 181. gada — Dienvidilokosas provinces centrs. 1758. gadā Viganai pirmoreiz piešķīra pilsētas statusu (Ciudad Fernandina de Vigan) un tā kļuva par Nuevasegovijas bīskapa rezidenci. 1999. gada Vigana iekļauta UNESCOPasaules mantojuma sarakstā, bet 2001. gadā Viganas municipalitātei apstiprināts 1758. gadā piešķirtais pilsētas statuss.