Dzimis 1869. gadā augsta valsts ierēdņa (justīcijas ministra) Dmitrija Nabokova un viņa sievas Marijas, dzimušas Korfas, ģimenē. Studēja tieslietas Sanktpēterburgas universitātes Juridiskajā fakultātē. No 1896. līdz 1904. gadam bija Ķeizariskās Juridiskās augstskolas (Императорское училище правоведения) mācībspēks. Izvirzījās apr vienu no kadetu partijas līderiem. 1906. gadā tika ievēlēts Pirmajā valsts domē. Pēc Domes padzīšanas Nabokovs bija viens no t. s. Viborgas uzsaukuma parakstītājiem, par ko tika sodīts ar 3 mēnešiem ieslodzījumā.
Krievijas pilsoņu kara laikā devās uz Krimu. No 1919. gada — emigrācijā. Nogalināts krievu monarhistu atentātā pret kadetu partijas līderi Pāvelu Miļukovu.