Rakstiskajos avotos apdzīvotās vietas nosaukums Kapoša (latīņu: Copus) pirmo reizi minēts 1009. gadā. No 1555. līdz 1686. gadam Kapošvāra bija Osmaņu impērijas pakļautībā. 1749. gadā Kapošvāra kļuva par Somoģas meģes administratīvo centru. 19. gadsimta otrajā pusē cauri Kapošvārai izbūvēja dzelzceļa līniju, kas savieno Budapeštu ar Zagrebu. 1942. gadā tā ieguva pašvaldības statusu. 1950. un 1973. gadā Kapošvāras pilsētas platība tika paplašināta, pievienojot apkārtējās teritorijas. Kopš 1993. gada ir Kapošvāras bīskapijas centrs.