Haplogrupa

Vikipēdijas raksts
Pārlēkt uz: navigācija, meklēt

Haplogrupa (no grieķu: ἁπλούς, haploûs, "viens, vienkāršs") molekulārajā evolūcijā ir līdzīgu haplotipu grupa, kurai ir kopējs sencis, esot vienādai viena nukleotīda polimorfisma (VNP) mutācijai visos haplotipos. Haplogrupas apzīmē ar alfabēta burtiem, papildinot ar skaitļu un burtu kombinācijām, piemēram, R1c1.

Cilvēka ģenētikā biežāk pētītās haplogrupas ir Y-hromosomas (Y-DNS) haplogrupas un mitohondriālās DNS (mtDNS) haplogrupas. Y-DNS tiek nodota pa tēva līniju (no tēva dēliem), bet mtDNS tiek nodota pa mātes līniju (no mātes abu dzimumu bērniem). Ar tām nenotiek rekombinācija, tādējādi Y-DNS un mtDNS izmaiņas notiek tikai mutāciju veidā.

Klasifikācija[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

Cilvēka Y-hromosomas DNS haplogrupas[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

Cilvēka Y-hromosomas DNS haplogrupas tiek apzīmētas ar burtiem no A līdz T un tālāk sadalītas, pievienojot ciparus un mazos burtus.


Cilvēka Y-hromosomas (Y-DNS) haplogrupu evolūcijas koks
Y-hromosomas Ādams
A0 A1'2'3'4
A1 A2'3'4
A2'3 A4
B CDEF
DE CF
D E C F
G HIJKLT
H IJKLT
IJ KLT
I J LT K
L T MP NO S
M P N O
Q R

Y-hromosomas Ādams ir pētnieku dots vārds vīrietim, kurš ir dzīvo cilvēku pēdējais kopējais sencis.

Lielākās Y-hromosomas haplogrupas un to sastopamības ģeogrāfiskie reģioni (pirms nesanās eiropiešu kolonizācijas):

Dominējošās Y-hromosomas haplogrupas (vīriešu līnija) pirmskoloniālajā pasaules populācijā ar iespējamiem migrācijas ceļiem saskaņā ar piekrastes migrācijas modeli

Grupas bez mutācijas M168[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

Grupas ar mutāciju M168[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

(mutācija M168 notikusi ~50 000 bp)

  • Haplogrupa C (M130) (Okeānija, Ziemeļ/Centrāl/Austrum Āzija, Ziemeļamerica un neliela sastopamība Dienvidamerikā, Dienvidāzijā, Rietumāzijā un Eiropā)
  • Haplogrupa F (M89) Okeānija, Eiropa, Āzija, Ziemeļ- un Dienvidamerika
  • YAP+ haplogrupas

Grupas ar mutāciju M89[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

(mutācija M89 notikusi ~45 000 bp)

  • Haplogrupa F (P14, M213) (Dienvidndia, Šrilanka, Ķīna, Koreja)
  • Haplogrupa G (M201) (parādās daudzām etniskajām grupām Eirāxijā, parasti ar mazu sastopamību; visbiežāk sastopama Kaukāzā, Irānas plato un Anaolijā; Eiropā galvenokārt Grieķijā, Itālijā, Ibērijas pussalā, Tirolē, Bohēmijā; ļoti reti Ziemeļeiropā)
  • Haplogrupa H (M69) (Indija, Šrilanka, Nepāla, Pakistāna, Irāna, Centrālāzija un Arābija)
  • Haplogrupa IJK (L15, L16)

Grupas ar mutācijām L15 un L16[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

  • Haplogrupa IJK (L15, L16)
    • Haplogrupa IJ (S2, S22)
      • Haplogrupa I (M170, P19, M258) (plaši sastopama Eiropā, dažreiz sastopama Vidējos Austrumos)
      • Haplogrupa J (M304) (Vidējie Austrumi, Turcija, Kaukāzs, Itālija, Grieķija, Balkāni, Ziemeļāfrika un Ziemeļaustrumāfrika)
        • Haplogrupa J* (galvenokārt atrasta Sokotrā ar dažiem novērojumiem Pakistānā, Omānā, Grieķijā, Čehijā un tjurkiem)
        • Haplogrupa J1 (M267) (galvenokārt saistīta ar semītiem Vidējos Austrumos, Etiopijā un Ziemeļāfrikā, Irānā, Pakistānā, Indijā un Ziemeļaustrumu Kaukāza tautām Dagestānā; J1 ar DYS388=13 ir saistīta ar austrumu Anatoliju)
        • Haplogrupa J2 (M172) (galvenokārt atrasta Rietumāzijā, Centrālāzijā, Dienvideiropā un Ziemeļāfrikā)
    • Haplogrupa K (M9, P128, P131, P132)

Grupas ar mutāciju M9[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

(mutācija M9 notikusi ~40 000 bp)

  • Haplogrupa K
    • Haplogrupa LT (L298/P326)
      • Haplogrupa L (M11, M20, M22, M61, M185, M295) (Dienvidāzija, Centrālāzija, Dienvidrietumāzija, Vidusjūra)
      • Haplogrupa T (M70, M184/USP9Y+3178, M193, M272) (Ziemeļāfrika, Āfrikas rags, Dienvidrietumāzija, Vidusjūra, Dienvidāzija); agrāk zināma kā Haplogrupa K2
    • Haplogrupa K(xLT) (rs2033003/M526)
Grupas ar mutāciju M526[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

Cilvēka mitohondriālās DNS haplogrupas[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

Cilvēka mitohondriālās DNS (mtDNS) haplogrupas tiek apzīmētas ar burtiem no A līdz Z ar papildu cipariem.

Jaunākā mtDNS koka versija (sastādījis Mannis van Oven PhyloTree vietnē.[1]

Cilvēka mitohondriālās DNS (mtDNS) haplogrupu evolūcijas koks

  Mitohondriālā Ieva (L)    
L0 L1-6
L1 L2 L3   L4 L5 L6
  M N  
CZ D E G Q   A S   R   I W X Y
C Z B F R0   pre-JT P  U
HV JT K
H V J T

Mitohondriālā Ieva ir pētnieku dots vārds sievietei, kura ir dzīvo cilvēku pēdējais kopējais sencis pēc sieviešu līnijas.

Populāciju definēšana[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

Cilvēka mitohondriālās DNS haplogrupu (sieviešu līnija) migrācijas karte ar krāsainām atzīmēm par izplatības periodiem tūkstošos gadu pirms mūsdienām

Haplogrupas var izmantot, lai noteiktu ģenētiskās populācijas un bieži tās ir ģeogrāfiski orientētas. Piemēram, sekojošas mtDNS haplogrupas sastopamas:

  • Āfrikā: L0, L1, L2, L3, L4, L5, L6;
  • Rietumeirāzijā: H, T, U, V, X, K, I, J, W (tās visas mantotas no makrohaplogrupas N);
  • Austrumāzijā: A, B, C, D, E, F, G, Y, Z (no tām C, D, E, G un Z mantotas no makrohaplogrupas M);
  • Amerikā: A, B, C, D, X;
  • Austrālijā — Melanēzijā: P, Q, S.

Mitohondriālās haplogrupas ir sadalītas trīs galvenajās grupās: L, M un N. Cilvēce L grupā vispirms sadalījās L0 un L1-6. Savukārt L1-6 vēlāk sadalījās citās L grupās, no kurām L3 sadalījās M un N grupā.

M grupa bija tā, kas veica cilvēku pirmo migrācijas vilni no Āfrikas, dodoties uz austrumiem pa dienvidu piekrasti. No M radušās haplogrupas ir sastopamas Austrumāfrikā, Āzijā, Amerikā un Melanēzijā, bet gandrīz neviena nav atrasta Eiropā.

N grupa rāda otro migrācijas vilni no Āfrikas, kad gājis uz ziemeļiem. Īsi pēc migrācijas no N atdalījusies liela R haplogrupa. Haplogrupa R sastāv no divām apakšgrupām. Viena sastopama Āzijā un Okeānijā, bet otra pārstāv gandrīz visas Eiropas populācijas.

L grupa[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

Makro haplogrupa L sastopama gandrīz visā Āfrikā.

M grupa[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

M grupa sastāv no:

  • M1 — populācijas Etiopijā, Somālijā un Indijā
  • CZ — daudzi Sibīrijas iedzīvotāji
    • C — dažas Amerikas indiāņu populācijas
    • Z — daudzas sāmu, dažas Ziemeļķīnas, dažas Centrālāzijas populācijas
  • D — dažas Amerikas indiāņu, daudzas Sibīrijas un Austrumāzijas populācijas
  • E — Malaja, Borneo, Taivānas pirmiedzīvotāji, Papua Jaungvineja
  • G — daudzas Ziemeļsibīrijas, Ziemeļāzijas un Centrālāzijas populācijas
  • Q — Melanēzija, Polinēzija, Jaungvineja
N grupa[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

N grupa sastāv no:

  • A — dažas Amerikas indiāņu, Japānas un Korejas populācijas
  • I — 10 % sastopamība Ziemeļeropā un Austrumeiropā
  • S — dažas Austrālijas aborigēnu populācijas
  • W — dažas Austrumeiropas, Dienvidāzijas un Dienvidaustrumāzijas populācijas
  • X — dažas Amerikas indiāņu, Dienvidsibīrijas, Dienvidrietumāzijas un Dienvideiropas populācijas
  • Y — vairums nivhu un daudzi aini, 1 % Dienvidsibīrijā
  • R apakšgrupas:
    • B — dažas Ķīnas, Tibetas, Mongolijas, Centrālāzijas, Korejas, Amerikas indiāņu, Dienvidsibīrijas, Japānas un Austronēzijas populācijas
    • F — galvenokārt atrodama Dienvidaustrumāzijā, īpaši Vjetnamā; 8,3 % Hvaras salā Horvātijā
    • R0 — Arābijā, Etiopijā un Somālijā
      • HV — Eiropā, Rietumāzijā un Ziemeļāfrikā
    • pre-JT — Libānā; 25 % beduīnu populācijās
      • JT — Ziemeļeiropā, Austrumeiropā, Indijā, Vidusjūrā
      • U — augsta sastopamība Skandināvijā, Baltijas valstīs, Vidusjūrā

Y-hromosomas un mitohondriālās DNS haplogrupu pārklāšanās[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

Atsevišķas Y-hromosomas haplogrupas un atsevišķas mitohondriālās DNS haplogrupas pārklājas, parādot poputācijas, kurām ir īpašas Y-hromosomas haplogrupas un mitohondriālās DNS haplogrupas kombinācija. Y-hromosomas un mitohondriālās DNS mutācijām nebija jānotiek vienlaicīgi, un abu dzimumu izlases dažāds ātrums kopā ar dibinātāja efektu un gēnu dreifu varēja izmainīt populācijas haplogrupas sastāvu, tādēļ pārklāšanās ir tikai uzmetums.

Iespējamās Y-hromosomas un mitohondriālās DNS haplogrupu pārklāšanās:

Y-hromosomas DNS haplogrupa(s) mitohondriālās DNS haplogrupa(s) Ģeogrāfiskais reģions un/vai tautas
A L0 Austrumāfrika un Dienvidāfrika
B L1, L4 Austrumāfrika un Vidusāfrika
E L2, L3 Āfrika
D, O, N, C3 CZ/C/Z, D, G (M tipi); A, N9/Y (N tipi); B, F (R tipi) Austrumāzija, Sibīrija
K, M (M9-positive, M45-negative) B, P (R types); N; Q (M type) as well as various Oceanian-specific M subclades Okeānija
R, I, T, J, E (V13, M81, M123 tipi) R0, HV/H/V, JT/J/T, U/K (R tipi) Dienvidāzija, Eiropa, Rietummāzija, Ziemeļāfrika, Āfrikas rags
Q, C3 A, X (N tipi); C, D (M tipi) Sibīrijas galējie austrumi, Amerika

Atsauces[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]

Ārējās saites[izmainīt šo sadaļu | labot pirmkodu]