Dī nejauca maģiju ar zinātni, kā to darīja daudzi citi zinātnieki. Viņš skaidri apzinājās, kad strādā pie maģijas, kad pie zinātnes. Savā laikmetā Dī bija viens no izglītotākajiem cilvēkiem, viņš tika aicināts uz Parīzes Universitāti pasniegt algebru, bet tad viņam tik tikko bija apritējuši divdesmit gadi. Džons Dī bija dedzīgs matemātikas attīstības veicinātājs, cienīts astronoms, kā arī kļuva par ekspertu navigācijā, iemācot cilvēkiem pamatiemaņas, lai tie spētu doties Anglijas rīkotajās atklājumu un pētniecības ekspedīcijās. Mūža pēdējo trešdaļu gandrīz pilnībā veltīja misticismam un hermētismam. Dažkārt Dī vārdu saista ar rožkrustiešu kustību.
1555. gadā Dī tika arestēts par astroloģisko karšu sastādīšanu Marijai Tjudorai un toreizējai princesei Elizabetei. Kad 1558. gadā Elizabete kļuva par karalieni, Dī kļuva par viņas astroloģisko un zinātnisko padomdevēju. Dī gan idejiski, gan tehniski atbalstīja Anglijas jūras ceļojumus un pirmais lietoja jēdzienu Britu impērija. Savus ziņojumus karalienei Dī esot parakstījis kā 007, kas četrus gadsimtus vēlāk kļuva par Džeimsa Bonda "zīmolu".
Gadsimta astoņdesmitajos gados Dī novērsās no sabiedriskās dzīves un gandrīz pilnībā pievērsās ezotērismam. 1582. gadā viņš satika pašpasludinātu garīgo mēdiju Edvardu Kelliju, ar kuru kopā vēlāk ceļoja pa Centrāleiropu.
1589. gadā atgriezās Londonā. Miris nabadzībā savās mājās Londonas Mortleikas rajonā.