Baganas dibināšanas gads nav zināms, tomēr Mjanmas hronikās apgalvots, ka tas noticis 2. gadsimtā. 849. gadā uzcelts pilsētas aizsargmūris. Pilsētas uzplaukums sākās ķēniņa Anavrata laikā pēc 1044. gada, kas ieviesa budismu kā valsts valdošo reliģiju. Paganas impērija kļuva par pirmo ievērojamo centralizēto valsti Mjanmas terotorijā, nomainot Pju pilsētvalstis. Šajā laikā Bagana ar platību 40 km² bija viena no lielākajām pasaules pilsētām. Pamazām pilsētā uzcēla ap 10000 svētvietu, no kurām līdz mūsdienām dažādā pakāpē saglabājušās apmēram 2200.
1287. gadā Mongoļu impērijas un ķīniešu karaspēks ieņēma Paganas impēriju un nopostīja Baganas pilsētu.