Dibināta 1713. gadā kā Šibekinassloboda (nosaukta pēc pirmā zemes īpašnieka apakšpulkveža Ivana Šibeko). 19. gadsimtā sloboda kļuva par pagasta centru. 1836. gadā Šibekinu nopirka ģenerālleitnants Aleksejs Rebinders un slobodā sāka attīstīties cukura un ķieģeļu ražošana. 20. gadsimta sākumā Šebekinas cukura rūpnīca bija lielākā Krievijā. 1928. gadā Šebekina kļuva par rajona centru, bet 1938. gadā — par pilsētu. 1948. gadā uzbūvēta liela sadzīves ķīmijas rūpnīca.[3]
2023. gadā Šebekinas rajonā notika kaujas starp Krievijas opozīciju, kas karo Ukrainas pusē un Krievijas bruņotajiem spēkiem.