Čistoje Poļes (Чистое Поле) ciems vēstures avotos pirmoreiz minēts 17. gadsimta beigās. 1781. gadā ciemam piešķīra pilsētas statusu, apstiprināja par apriņķa centru, un tas ieguva tagadējo nosaukumu. 19. gadsimta beigās pilsēta bija ievērojams labības tirdzniecības centrs.
2. pasaules kara laikā uz Čistopoļu bija evakuēta PSRS Rakstnieku savienība, un šeit mita vairāki tā laika ievērojami literāti: Boriss Pasternaks, Marina Cvetajeva u.c.