Klosteri 1153. gadā nodibināja pirmais Portugāles karalisAfonsu I, un divus gadsimtus tas kalpoja par Portugāles karaļu nekropoli. Klostera vislielākais uzplaukums bija no 14. līdz 16. gadsimtam, kad tas bija arī amatniecības centrs. Klostera katedrāle bija pirmā baznīca Portugālē, kas tika uzcelta gotiskā stilā. 18. gadsimtā klosteris tika pārbūvēts baroka stilā. 1834. gadā, līdz ar Portugāles klosteru sekularizāciju, Alkobasas klosteris tika slēgts.