Spēle notiek 2012. gada septembrī, sekojot Desmondam Mailzam, bārmenim, kuru nolaupa, lai veiktu ģenētiskās atmiņas pētījumus. To laikā Mailzs atceras, savu priekšteci Altairs Ibns la-Ahgūts.("Neviena dēls"), tāpēc profesors viņu izmanto lai izzinātu pagātni. 1191. gadā dzīvojošais slepkavu klana biedrs, kura uzdevums ir iegūt artefaktu ar nosaukumu Piece of Eden, kas spēj radīt ilūzijas no Templiešu ordeņa. Altaira pavēlnieks Al Mualims viņam iedod sarakstu ar 9 templiešiem, kuri Altairam ir jānogalina, lai atgūtu savu godu. Stāstam attīstoties tiek uzzināts, ka laboratorijas vadība ir Templiešu ordeņa modernā versija, un, ka viņi zināja par Mailza pagātni. Beigās spēlētājs atklāj, ka viņu īstais mērķis bija uzzināt, kur atrodas Piece of Eden. Viņuprāt, tā atrašanās vieta ir noslēpta Mailza atmiņās.
Vikikrātuvē par šo tēmu ir pieejami multivides faili. Skatīt: Assassin's Creed.
