Bakteriofāgs AP205
Bakteriofāgs AP205 (Acinetobakter fāgs 205) ir fāgs, kurš pieder pie Leviviridae dzimtas levivīrusu ģints. AP205 inficē Acinetobacter ģints baktērijas, no kurām visplašāk pazīstama ir obligāti aerobā Acinetobacter baumannii, kas morfoloģiski atgādina īsu nūjiņu. Kā visi vienpavediena RNS bakteriofāgi, tas izraisa ātru lītisko infekciju, radot ap 10 000 fāgu daļiņu vienas baktērijas lizēšanas rezultātā.[1]
Morfoloģija un uzbūve
[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]AP205 bakteriofāgam ir ikosaedriskā kapsīda ap 29 nm diametrā, tas ir lielākais no visiem mazajiem vienpavediena RNS fāgiem, kuriem ir zināma kapsīdas līmeņa struktūra. Lipīdu membrānas vīrusa daļiņai nav. Kapsīdas struktūra ir noteikta ar krioelektronmikroskopijas metodi pie 17 – 24 Å izšķirtspējas.[2] Genoms sastāv no lizēšanas proteīna, A proteīna jeb nobriešanas proteīna, apvalka proteīna un replikāzes gēniem, kurus kodē viena 4267 nukleotīdus gara vienpavediena RNS molekula.[1]
Izmantošana rekombinantajā biotehnoloģijā un vakcīnu izstrādē
[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]AP205 bakteriofāga raksturīgā īpatnība slēpjas tā kapsīdas apvalka proteīna struktūrā. Atšķirībā no citiem mazajiem RNS bakteriofāgiem, tā apvalka proteīna N- un C-gali ir eksponēti uz vīrusa daļiņas virsmas. [3] Tas atvieglo ģenētisko sapludināšanu ar svešajā proteīnu sekvencēm ar nolūku radīt modificētās vīrusveidīgās daļiņas. Uz tādu daļiņu virsmas tiek izvietoti proteīni vai proteīnu domēni, kuriem vēlas pētīt medicīnisko aktivitāti, piemēram, imūno atbildi. Gadījumā, ja proteīna gali ir mazāk pieejami, šāda veida proteīnu konstrukcijas var izrādīties nestabilas.
Permutācija un atšķirība no radniecīgiem bakteriofāgiem
[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]
Parādība, kas izpaužas AP205 bakteriofāgam, kad viens proteīna ķēdes posms "pārceļo" uz pretējo polipeptīda galu, tiek saukta par permutāciju. Tieši tā dēļ apvalka proteīna gali AP205 bakteriofāgam tiek eksponēti kapsīdas virspusē. Pārējiem mazajiem RNS fāgiem minētā parādība neizpaužas.
Atsauces
[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]- ↑ 1,0 1,1 Janis Klovins. «Nucleotide sequence of a ssRNA phage from Acinetobacter: kinship to coliphages.». Skatīts: 2017. gada 4. janvārī.
- ↑ SH van den Worm. «Cryo electron microscopy reconstructions of the Leviviridae unveil the densest icosahedral RNA packing possible.». Skatīts: 2017. gada 4. janvārī.
- ↑ M Shishovs. «Structure of AP205 Coat Protein Reveals Circular Permutation in ssRNA Bacteriophages.». Skatīts: 2017. gada 4. janvārī.