Žans Kalvins ir dzimis 1509. gada 10. jūlijā Nojonā, Pikardijā. Viņa vārds viduslaiku franču valodā tiek rakstīts kā Jehan Cauvin, kas latviski atveidojams kā Žans Kovēns. Viņa tēvs bija Žerārs Kovēns (Gérard Cauvin), bet māte — Žanna le Franka (Jeanne le Franc). Kad Žanam Kalvinam bija trīs gadi, viņa māte Žanna le Franka nomira.
Saskaņā ar tradicionālām Žana Kalvina biogrāfijām, 1523. gadā Parīzē viņš sāka studēt teoloģiju, taču nav saglabājušies nekādi tieši dokumenti, kas to apliecinātu. 1525. vai 1526. gadā Žans Kalvins sāka mācīties Orleānas Universitātē tieslietas un humanitārās zinātnes. 1529. gadā, nepabeidzot iepriekš uzsāktās studijas Orleānā, viņš sāka studēt Buržas Universitātē, kur apguva sengrieķu valodu, kas vēlāk noderēja Jaunās Derības studēšanai. 1531. gadā nomira Žana Kalvina tēvs Žerārs Kovēns.
1536. gadā tika uzaicināts reformēt baznīcu Ženēvā, tomēr 1538. gadā tika no turienes padzīts un apmetās Strasbūrā. 1541. gadā Žans Kalvins atgriezās Ženēvā, kur veica radikālas reliģiskas un sabiedriskas reformas.