Bēkons dzimis 1561. gadā Londonā dižciltīga augsta valsts ierēdņa sera Nikolasa Bēkona un viņa sievas lēdijas Annas ģimenē. Bēkona tēvs bija Lords - Lielā Zīmoga Glabātājs. Bēkons iesākumā izglītību ieguva mājas apstākļos, vēlāk studēja jurisprudenci Kembridžas Universitātē. 1576. gadā kopā ar angļu sūtni Francijā devās uz ārzemēm, tomēr 1579. gadā, sakarā ar tēva nāvi, atgriezās Anglijā, kur darbojās kā advokāts. 1584. gadā viņš kļuva par Anglijas Parlamenta locekli, kur 1586. gadā atklāti atbalstīja Marijas Stjuartes sodīšanu ar nāvi. Parlamenta laikā pieslējās karalienes Elizabetes I favorītam Robertam Devero, otrajam Eseksas grāfam, kurš uzdāvināja Bēkonam lauku īpašumu. Vēlāk attiecības ar grāfu Eseksu tika sarautas, bet, kad grāfam Esekss tika apvainots valsts nodevībā, Bēkons uzstājās ar apsūdzībām pret grāfu.
Kad tronī kāpa karalis Džeimss I, Bēkons sāka straujāk virzīties pa karjeras kāpnēm. 1606. gadā Bēkons apprecēja četrpadsmitgadīgu tirgotāja meitu Alisi Berhemu, tomēr laulība bija neveiksmīga. 1613. gadā Bēkons kļuva par galveno prokuroru (attorney general), bet 1618. gadā - par Lordu-kancleru. 1621. gadā Bēkona karjera aprāvās. Parlamenta komisija apsūdzēja Bēkonu korupcijā, un viņam tika liegts ieņemt augstus amatus. Bēkonu ieslodzīja Tauerā, tomēr ieslodzījums ilga tikai dažas dienas. Vēlāk Bēkons proponēja savu nevainību, bet uzņēmies vainu, lai glābtu karali no skandāla. Miris 1626. gada 9. aprīlī pēc saaukstēšanās, izmēģinot sniega izmantošanu gaļas uzglabāšanai.
Vairāk vai mazāk ticamas versijas par Frānsisa Bēkona dzīvi
Vairākās Bēkona biogrāfijās tiek pieļauts un vairāki fakti liek domāt, ka Bēkons bija karalienes Elizabetes I un Valtera Devero, pirmā Eseksas grāfa, ārlaulības dēls.
Tiek uzskatīts, ka, dzīvojot Francijā, Bēkonam bija romantiskas attiecības ar karalieni Margo.
Frānsisu Bēkonu dažkārt uzskata par rožkrustiešu kustības dibinātāju. Tiek pieļauts, ka Kristians Rozenkreics bija Bēkona pseidonīms.
Daži autori (citu starpā tā domāja Marks Tvens) uzskatīja, ka Frānsiss Bēkons bija Viljama Šekspīra darbu patiesais autors.
Zināšanu progress (The Advancement of Learning, 1605), kurā Bēkons deklarēja, ka svarīgākais valdnieka pienākums ir bagātināt pasauli ar drošām un auglīgām zināšanām
Jaunais zinātņu organons (Novum Organum scientiarum jeb "Jaunais instruments" kā Aristoteļa darbu krājuma "Organons" jeb "Instruments" attīstījums, 1620), viens no būtiskākajiem darbiem zinātniskās metodes izstrādes evolūcijā. Darbā Bēkons izstrādā mācību par elkiem, kas apsēduši cilvēku prātus — cilts elki (idola tribus — cilvēku sugai piemītošā ierobežotība), alas elki (idola specus — katra cilvēka personīgā ierobežotība), tirgus elki (idola fori — ierobežojumi, kurus rada cilvēku savstarpējās attiecības, piemēram, neprecīza valoda), teātra elki (idola theatri — aplamās filozofijas mācības) —, kas traucē izziņu un no kuriem jāatbrīvojas, lai varētu izzināt dabu, sasniegt panākumus un realizēt mērķus. [2] 1989. gadā darbs izdots latviski.
Jaunā Atlantīda (The New Atlantis, 1626) - utopija par teiksmainu zemi Amerikas kontinentā.