Nīderlandes Austrumindijas teritorija tās pastāvēšanas beigās sakrita ar mūsdienu Indonēzijas teritoriju. Attēlā parādīta Nīderlandes Austrumindijas kontrolētās teritorijas dažādos laika posmos
Otrā pasaules kara laikā, no 1942. līdz 1945. gadam, Nīderlandes Austrumindiju okupēja Japānas Impērija, bet no 1945. līdz 1949. gadam norisinājās Indonēzijas neatkarības karš, kura rezultātā Nīderlandes Austrumindija beidza pastāvēt un izveidojās Indonēzijas valsts. No 1949. līdz 1962. gadam vēl pastāvēja Nīderlandes Jaungvineja, kas bija daļēja Nīderlandes Austrumindijas pēctece.