Pilsētas nosaukums cēlies no sennorvēģu valodasSkeggi un ness — ‘bārdainā vīra rags’. Tiek uzskatīts, ka apdzīvotā vieta pastāvējusi jau romiešu laikos, bet vēstures avotos tā minēta kopš 13. gadsimta. Līdz 16. gadsimtam Skegnesas ciems un osta atradušies nedaudz uz dienvidaustrumiem no tagadējās vietas, bet 1520. gadu vētrās tā nopostīta un ieskalota jūrā. Skegnesa uzbūvēta no jauna tagadējā vietā un līdz 18. gadsimtam bija neliels zvejnieku ciems. 1770. gados Skegnesa sāka attīstīties kā piejūras klimatiskais kūrorts. 1848. gadā līdz Skegnesai uzbūvēts dzelzceļš, kas deva ievērojamu impulsu kūrorta attīstībai. 1881. gadā atvērts jūras mols un atpūtas parks, bet vēlāk cita atpūtas un izklaides infrastruktūra. Skegnesas kā kūrorta ziedu laiki bija 20. gadsimta pirmajā pusē, bet tūrisms joprojām ieņem nozīmīgu vietu pilsētas saimniecībā.