Ar mūziku nodarbojās no darba brīvajā laikā. Iespējams populārākais Borodina darbs ir opera "Kņazs Igors", kuras pirmizrāde notika Marijas teātrī 1890. gadā, jau pēc Borodina pēkšņās nāves akadēmijas ballē 1887. gadā. Operu Borodins savas dzīves laikā nepabeidza, to pēc autora pierakstiem izdarīja Aleksandrs Glazunovs un Nikolajs Rimskis-Korsakovs.