1764. gadā dzimis Jelgavas tirgotāja un birģermeistara Johana Rekes un viņa sievas Sofijas Elizabetes, dzimušas Šmites ģimenē.
1779.—1781. gadā mācījies Jelgavas Pētera akadēmijā, pēc tam Getingenes universitātē studējis vēsturi, statistiku, filozofiju un mākslu.
1785. gadā J. F. Reke atgriezās Jelgavā, pievērsās Kurzemes vēstures izpētei.
1787. gadā iestājās Kurzemes hercoga dienestā.
1788. gadā viņš kļuva par hercoga arhīva sekretāru.
1795. gadā, pēc Kurzemes pievienošanas Krievijas Impērijai, Reke palika valsts dienestā un 1796—1801 pildīja Kurzemes guberņas valdes sekretāra pienākumus.
1801.—1826. gadā bija Kurzemes kamerālvaldes padomnieks.
1824. gadā par nopelniem 35 gadus garajā valsts darbā J. F. fon Reki iecēla valsts padomnieka kārtā un apbalvoja ar 4. klases Vladimira ordeni.
No 1824. gada 2. septembra līdz 1825. gada 25. februārim J. F. fon Reke bija Kurzemes vicegubernatora vietas izpildītājs.
1826. gadā J. F. fon Reke atstāja valsts dienestu un varēja pilnībā nodoties savām garīgajām interesēm.
Kad 1815. gadā tika nodibināta Kurzemes literatūras un mākslas biedrība, J. F. fon Reke bija viens no tās dibinātājiem, 1827—1846 — biedrības pastāvīgais sekretārs. Taču īpaši jāuzsver J. F. fon Rekes nopelni Kurzemes provinces muzeja nodibināšanā, tā kolekciju veidošanā un bagātināšanā. Kopš muzeja izveidošanas 1818. gadā līdz pat savai nāvei 1846. gadā J. F. fon Reke bija muzeja direktors, uzdāvināja muzejam visu, ko pats bija sakrājis, un netaupīja pūļu, lai nemitīgi vairotu muzeja bagātības. Jau 1812. gadā J. F. fon Rekem bija radusies ideja par Baltijas rakstnieku un zinātnieku leksikona radīšanu, bet pie šī darba viņš varēja ķerties tikai 1820. gadu otrajā pusē; kopā ar K. E. Napjerski sarakstītā leksikona “Allgemeines Schriftsteller- und Gelehrten- Lexikon der Provinzen Livland, Estland und Kurland” četri sējumi iznāca 1827.—1832. gadā. 1834. gadā J. F. fon Reke tika iecelts par Getingenes universitātes filozofijas doktoru, viņš bija daudzu ārzemju un Baltijas zinātnisko biedrību goda biedrs vai biedrs, Parīzes vēstures institūta un Pēterburgas Zinātņu akadēmijas korespondētājloceklis. Kā K. E. Napjerskis rakstīja J. F. fon Rekes nekrologā, viņa uzskatus bija veidojis Apgaismības laikmets, bet viņa dzīves filozofija bija izsakāma ar Horācija vārdiem Carpe diem.
.svg){kind=small}
