Apdzīvotā vieta dibināta 1655. gadā kā Kupjankas vai Kupčinkas sloboda. 1685. gadā minēta kā Izjumas kazaku pulka pilsēta. 1773. gadā Kupjanskā dzīvoja 3578 iedzīvotāji, bet 1779. gadā tai piešķirtas pilnvērtīgas pilsētas tiesības. 1895. gadā gar Kupjansku tika izbūvētas Balašovas—Kupjanskas—Harkovas un Harkovas—Lisičanskas dzelzceļa līnijas un 7 verstis no pilsētas tika izbūvēts dzelzceļa mezgls. 1941. gadā, pēc Kijevas (septembrī) un Harkovas (oktobrī) zaudēšanas vācu karaspēkam, Kupjanska dažus mēnešus (no oktobra līdz jūnijam) bija Ukrainas PSR valdības rezidence.[1]
Mūsdienās Kupjanska ir ievērojams dzelzceļa mezgls, vairāki pārtikas, būvmateriālu rūpniecības un masīnbūves uzņēmumi.