1539. gadā atgriezās Turku un kļuva par katedrāles skolas rektoru. 1543. gadā publicēja pirmo grāmatu somu valodā - ābeci "Abckiria". 1548. gadā tika publicēts Agrikolas vissvarīgākais darbs - Jaunās Derības tulkojums somiski "Se Wsi Testamenti". 1554. gadā Agrikola tika iecelts par Turku arhibīskapu - augstāko garīgo amatu Somijas teritorijā.
Miris slimības dēļ Karēlijā, atgriežoties no miera sarunām ar Krieviju. 9. aprīlis - Agrikolas nāves datums un Eliasa Lenrūta dzimšanas diena mūsdienu Somijā tiek svinēta kā Somu valodas diena.