Dzimis Leidenē un mācījās vietējā universitātē. Pēc mācībām iesākumā apmetās Parīzē, vēlāk pārcēlās uz Vīni. No 1755. līdz 1759. gadam Marija Terēzes vīra Franca I uzdevumā apceļoja Karību jūras zemes, vākdams botānisko kolekciju Šēnbrunnas pilij. No 1763. līdz 1768. gadam strādāja par ķīmijas un mineraloģijas profesoru Bavska Štjavnicā, vēlāk kļuva par Vīnes Universitātes botānisko dārzu direktoru.
Nikolaja Žozefa jaunākais dēls Emīls Gotfrīds un meita Franciska bija Mocarta tuvi draugi. Vairākas Mocarta kompozīcijas veltītas Žakēnu ģimenei.