Kopā ar vīru Ferdinandu II stabilizēja stāvokli abās karalistēs, kas kļuva par pamatu Spānijas apvienošanai. Vēlāk viņi lika pamatus Spānijas politiskajai apvienošanai — viņas mazdēls Kārlis V Hābsburgs kļuva par Svētās Romas impērijas imperatoru un pirmo apvienotās Spānijas karali. Pēc tam Izabella reorganizēja valdības sistēmu, samazināja noziedzību un izveda karalisti no milzīgā parāda, kādā to atstāja viņas brālis. Viņu veiktajām reformām bija ietekme arī ārpus karalistes robežām. Izabella un Ferdinands ir pazīstami arī kā rekonkistas pabeidzēji, viņi finansēja Kristofora Kolumba 1492. gada ceļojumu, kad viņš atklāja Jauno pasauli. 1492. gadā tika izdots Alhambras edikts, ar kuru no Spānijas teritorijas tika padzīti ebreji.