Piedalījies septiņās Olimpiskajās spēlēs (1994, 1998, 2002, 2006, 2010, 2014, 2018), divreiz izcīnīdams sudraba medaļu. 2002. gadā Soltleiksitijā viņš palīdzēja Somijas komandai uzvarēt komandu sacensībās, šo panākumu viņš atkārtoja 2006. gadā Turīnā.
Pasaules čempionātos viņš ir ieguvis 5 zelta, 3 sudraba un 2 bronzas medaļas. Veiksmīgākie viņam bija 1997. gada Pasaules čempionāts Tronheimā, kad viņš kļuva par divkārtēju Pasaules čempionu, un 2005. gada čempionāts Oberstdorfā.
Pasaules kausa posmos viņš startēja kopš 1992. gada. Divreiz ir ieguvis Lielo Globusu par uzvaru kopvērtējumā 2003.–2004. un 2004.–2005. gada sezonās. J. Ahonens ir uzvarējis 36 posmos. Tāpat viņš ir Pasaules kausā visvairāk punktus guvušais, visvairāk uz goda pjedestāla bijušais sportists un trešais visvairāk uzvaru posmos guvušais sportists, vairāk par viņu uzvaras ir izcīnījuši tikai Mati Nikenens (46) un Adams Mališs un Gregors Šlīrencauers.