No 1938. gada aprīļa līdz 1941. gada augustam Peipers bija Heinriha Himlera personīgais adjutants.
Pēc tam Waffen-SS kaujas virsnieks 1. SS tanku divīzijā "Leibstandarte-SS Adolf Hitler". Karojis gan Austrumu, gan Rietumu frontē. Izcēlies ar varonību kaujās un nežēlību pret pretinieku un civiliedzīvotājiem.
Pēc kara tiesāts par Malmedī slaktiņa veikšanu. Piespriests nāvessods, kas vēlāk nomainīts pret mūža ieslodzījumu, bet vēl vēlāk — ar ieslodzījumu. Atbrīvots no ieslodzījuma 1956. gada beigās. Apsūdzēts arī kara noziegumosItālijā.
Pēc ieslodzījuma strādāja autorūpniecībā, kompānijā Porsche. 1972. gadā pārcēlās uz dzīvi Francijā. 1976. gada naktī no 13. uz 14. jūliju nogalināts uzbrukumā mājai ar degpudelēm. Uzbrucēju personības nav noskaidrotas.