Rakstos pirmoreiz minēta 1186. gadā. 1526. gadā Kosmonosi iekļāvās Hābsburgu impērijas sastāvā. 17. gadsimta beigās šeit tika nodibināts piāristu klosteris un ģimnāzija. Klosteris tika slēgts Jozefa II reformu laikā. 1869. gadā Kosmonosu klostera telpās tika nodibināta pirmā psihiatriskā slimnīca Čehijas teritorijā. No 1919. gada — Čehoslovākijā. Starp pasaules kariem pie pilsētas tika nodibināta traktorrūpnīca. Kopš 1993. gada — Čehijā.