Rakstos pirmoreiz minēta 12. gadsimtā. 1274. gadā karalis Otokārs II piešķīra Melnīkai pilsētas tiesības. Pilsēta attīstījās kā Bohēmijas karalienes īpašums. 1526. gadā pilsēta iekļāvās Hābsburgu impērijas sastāvā. No 1919. gada — Čehoslovākijā. Kopš 1993. gada — Čehijā. Pēc Samta revolūcijas Melnīkas pili atguva tās vēsturiskie īpašnieki — Lobkovicu ģimene.
Melnīka ir rakstnieka Viktora Dika (Viktor Dyk, 1877—1931), Morāvijas hercoga Johana Heinriha (Johann Heinrich, 1322—1375) un Svētās Ludmilas (Svatá Ludmila, 860—921) dzimtā pilsēta. Vietējā ģimnāzijā mācījies Jans Palahs (Jan Palach, 1948—1969). 1451. gadā Melnīkā mira imperatore — konsorte Ceļes Barbara (Barbara von Cilli, 1392—1451).