Līdz pat Tanu dinastijas laikam tagadējās Naņtunas vietā bija neliela pilsētiņa Jandžou pakļautībā. Ap 958. gadu tika nodibināta atsevišķa Tundžou prefektūra, kuru 1368. gadā atkal pakļāva Jandžou. Kad 1724. gadā atkal tika nodibināta atsevišķa prefektūra ar Naņtunas vārdu.[2]
Vēsturiski Naņtuna izaugsmes pamatā bijusi sāls ieguve, arī rīsu un kokvilnas audzēšana, kā arī tekstilrūpniecība. Mūsdienās attīstīta arī pārtikas rūpniecība, elektromašīnbūve, farmācija, elektronika.