Nagasaki vēsture sākas 1570. gadā, kad daimjo Omura Sumitada atļāva Portugāles karalistei šajā vietā izveidot tirdzniecības ostu Japānā.[2] Burtiskā tulkojumā no japāņu valodas, 長崎市 (Nagasaki-shi) nozīmē ‘Garās pussalas pilsēta’. 1641. gadā eiropiešiem tika aizliegts uzturēties Japānā, izņēmums bija vienīgi Nagasaki esošā Dedzimas sala, kas turpmākos 218 gadus kļuva par vienīgo ostu, kurā varēja noenkuroties kuģi ne no Japānas.[3] No svešzemnieki tajā galvenokārt pietauvojās Nīderlandes Austrumindijas kompānijas kuģi. Otrā pasaules kara laikā, 1945. gada 9. augustā, Amerikas Savienotās Valstis uz Nagasaki nometa atombumbu. Kopš 1997. gada Nagasaki ir viena no Japānas pamata pilsētām (中核市, chūkaku shi).