Neskatoties uz to, ka Nahodka atrodas tālāk uz dienvidiem par Soči un Krimu, klimats šeit ir samērā bargs. Janvāra vidējā temperatūra ir ap -11 °C (kas atbilst temperatūrai Murmanskā, kura atrodas aiz Ziemeļu polārā loka), bet augustā - ap 20 °C. Gada vidējā temperatūra ir ap +5 °C (Soči +14 °C). Nahodkas klimats ir līdzīgs Vladivostokas klimatam, tomēr šeit ir mazāk miglas vasaras sākumā un tā ir labāk aizsargāta pret vējiem. Nahodkas klimata īpatnība ir tā, ka mērenais jūras klimats šeit ir tikai ļoti šaurā piekrastes joslā. Atliek tikai vēlā pavasarī pārkāpt pāri tuvumā esošajiem kalniem otrā kalnu pusē vai aizbraukt dažus kilometrus prom no krasta un var nokļūt jau krasi kontinentālā klimata zonā, kur vasarā ir +30 °C karsts.