1913. gadā Votsons publicēja savu pazīstamāko darbu Psychology as the Behaviorist Views It, dažkārt sauktu par "Biheivioristu manifestu". 1920. gadā, strādādams Džonsa Hopkinsa Universitātē, veica no zinātnes ētikas viedokļa apšaubāmo Mazā Alberta eksperimentu par nosacījuma refleksu radīšanu zīdainim. Pretrunīgi tiek vērtēta arī Votsona publiski paustā atziņa, ka, ja viņam piešķirtu 12 zīdaiņus, viņš ar psihotehnikas palīdzību varētu izveidot personību, kādu vien viņš vēlas.
1920. gadā Votsonam palūdza atstāt amatu Džonsa Hopkinsa Universitātē, sakarā ar avīzēs publicēto ziņām par viņa sakaru ar studenti Rozāliju Raineri (Rosalie Rayner), ar kuru vēlāk viņš apprecējās, izšķiroties no iepriekšējās sievas.