Līdz 2003. gadam tagadējāis Futbola klubs RFS bija 1990. un 1991. gadā dzimušo zēnu vecuma grupas komanda JFC Skonto sastāvā, tobrīd šīs vecuma grupas un visa JFC Skonto galvenais treneris bija Vladimirs Beļajevs. 2003. gadā Vladimirs Beļajevs aiziet no darba "Skonto" un tajā pašā gadā viņš dibina futbola sporta skolu "Daugava", līdzi ņemot savus audzēkņus.
Divus gadus vēlāk, 2005. gada 19. maijā, tiek izveidots pusprofesionāls futbola klubs FSK Daugava 90. Sporta klubs dibināts uz futbola sporta skolas "Daugava" bāzes, kuras audzēkņi ir dzimuši no 1989. līdz 1999. gadam. 2007. gadā klubs piedalās 1. līgā, bet pirms 2008. gada sezonas nomaina savu nosaukumu uz FK Daugava. Tajā pašā sezonā izcīna 1. vietu un ieguva tiesības spēlēt Virslīgā. Tomēr 2009. gadā FK Daugava nespēja noturēties Virslīgā. 2011. gadā kluba nosaukums tika mainīts uz "Rīgas futbola skola".
2015. gada sezonā "Rīgas Futbola Skola" izcīnīja 3. vietu 1. līgā, kas nedeva tiesības pacelties uz Virslīgu, taču 2016. gada sākumā Latvijas futbola federācija nolēma nepiešķirt licenci futbola klubam "Skonto" dalībai Virslīgā, līdz ar to Virslīgā varēja startēt Futbola klubs Rīgas Futbola skola, kas 2016. gada sezonu uzsāka ar jaunu vizuālo tēlu un nosaukumu RFS.[1] Klubam ir jauna vadība un par tā ģenerālsponsoru kļūst pārvaldītājsabiedrībaLNK Group.