Vēstures avotos minēta kopš 11. gadsimta kā Lihni. Pilsētas tiesības piešķirtas 1926. gadā. No 1940. gada rajona centrs.
Rietumos no pilsētas atrodas Bomboras militārais lidlauks un gaisa spēku bāze. 1992.—1993. gada gruzīnu—abhāzu kara laikā šī bāze bija galvenais separātistu atbalsta punkts. Kara laikā Gudautas rajons bija vienīgais, kas pastāvīgi palika separātistu kontrolē — Gudautā kādu laiku bāzējās Abhāzijas separātistu valdība. Pēc kara Bomboras bāze palika Krievijas rīcībā un lai arī 1999. gadā Krievija apņēmās bāzi slēgt un pielaist tur EDSO novērotājus, Abhāzijas valdība šo lēmumu bloķēja. Kopš 2008. gada bāze atjaunota un iekļauta Krievijas militārajā infrastruktūrā.