Par pirmo reizi, kad Hotina tika pieminēta rakstos, dažkārt uzskata 9. gadsimta sākumu, tomēr droši tā zināma no 14. gadsimta sākuma. Pilsētas attīstība saistīta ar 13. gadsimtā celto pili. Vēstures gaitā pilsēta vismaz 20 reizes mainīja valstisko pakļautību. Līdz 17. gadsimta beigām tā bija strīdus teritorija starp Poliju-Lietuvu un Moldāvijas kņazisti.
1621. gada rudenī pie Hotinas notika Hotinas kauja, kurā Polijas un Lietuvas kopvalsts karaspēks Lietuvas hetmaņa (Jana Karola Hodkeviča vadībā) un Zaporožjes kazaki (Petro Sahajdačnija vadībā) sakāva turkus un Krimas tatārus sultāna Osmana II vadībā. 1673. gada 11. novembrī pie pilsētas notika otrā Hotinas kauja, kurā poļi Jana III Sobeska vadībā sakāva turku spēkus.
Lielā Ziemeļu kara laikā 1711. gadā to pakļāva Osmaņu impērijas sastāvā, bet Krievu—turku kara laikā 1812. gadā Krievijas Impērijas un iekļāva Besarābijas guberņā.
No 1917. līdz 1918. gadam Hotina bija Moldāvijas Demokrātiskās Republikas pilsēta, tad iekļāvās Rumānijā. 1919. gada janvārī un februārī pilsētas apkaimē notika Hotinas sacelšanās, kurā ukraiņi vērsās pret Rumānijas varas iestādēm. 1940. gadā, pamatojoties uz Molotova-Ribentropa paktu, to iekļāva Ukrainas PSR. Otrā pasaules kara gados no 1941. līdz 1944. gadam Hotina atkal bija Rumānijā. No 1991. gada - neatkarīgās Ukrainas sastāvā.