Fokers dzimis mūsdienu Indonēzijā, kafijas plantāciju īpašnieka ģimenē. Kad Antonam bija četri gadi, ģimene pārcēlās uz Eiropu un apmetās Hārlemā. Nepabeidzis vidusskolu, Antons pārcēlās uz Vāciju, kur aizrāvās ar aviāciju. 1910. gadā viņš uzkonstruēja savu pirmo lidmašīnu Fokker Spin. 1912. gadā Johannistālē (tagad Berlīnes daļa) nodibināja aviobūves kompāniju, kuru vēlāk pārcēla uz Šverīni. Pazīstamākās Fokera konstruētās lidmašīnas (Fokker E.III un Fokker Dr.I) izmantoja Vācija un tās sabiedrotie Pirmajā pasaules karā. Viens no Fokera jaunievedumiem bija mehānisms kas sinhronizēja lidmašīnas propellera kustību ar lidmašīnas ložmetēju šāviņiem, lai tas spētu šaut tieši lidmašīnas kursa virzienā. 1915. gada vasarā tas nodrošināja Vācijas aviācijas dominēšanu.
Pēc Pirmā pasaules kara Fokers pārcēlās uz Nīderlandi un nodibināja Nederlandse Vliegtuigenfabriek - kompānijas Fokker priekšteci. 20. gadsimta 20. un 30. gados kompānija Fokker dominēja tirgū, bet 1996. gadā tā bankrotēja. Pats Fokers 1922. gadā pārcēlās uz ASV un kļuva par tās pilsoni. Miris 1939. gadā.