Portugāļu jūrasbraucējs Pedru Alvarišs Kabrals bija pirmais eiropietis, kas 1500. gada 22. augustā piestāja Brazīlijas piekrastē mūsdienu Baijas štatā. 1547. gadā tika nodibināta Salvadoras pilsēta, un līdz 1763. gadam tā bija Brazīlijas kolonijas galvaspilsēta. No 1624. gada maija līdz 1625. gada aprīlim Baija atradās Nīderlandes okupācijā. Štats bija pēdējais, kurš palika uzticīgs Portugālei, - tikai divus gadus pēc Brazīlijas neatkarības iegūšanas štats pievienojās Brazīlijas federācijai. No 16. līdz 18. gadsimtam Baija bija liels cukura ražošanas centrs. Parasti tieši uz Baiju no Āfrikas tika ievesti vergi, lai nodrošinātu cukurniedru plantāciju darbu, pēc tam tos nogādājot citur Brazīlijā.
Mūsdienās štats ir lielākais kakao ražotājs Brazīlijā (95% ražas). Štats izceļas ar vislielāko afrikāniskās kultūras ietekmi uz vietējām tradīcijām. Iegūst naftu, dimantus, dažādu metālu rūdas.