Apguva mūziku pie sava tēva, vēlāk — pie pusbrāļa Kārļa Filipa Emanuela. Mūziķa karjeru iesāka daudzsološi gan kā komponists, gan mūzikas izpildītājs. Uzstājās kopām ar viola da gamba meistaru Kārli Frīdrihu Ābelu. No 1756. līdz 1762. gadam Johans Kristiāns dzīvoja Itālijā, 1760. gadā kļūdams par Milānas katedrāles ērģelnieku.
1762. gadā devās uz Londonu, kur kļuva par karalienes Šarlotes mūzikas skolotāju. 1764. gadā Londonā muzicēja kopā ar astoņgadīgo Volfgangu Amadeju Mocartu. Tomēr gadsimta septiņdesmitajos gados Johana Kristiāna Baha popularitāte kritās un viņš mira, būdams parādos.