Dzimis 1856. gada 25. februārī Lejas pagasta "Rateniekos" mežsarga ģimenē.[1] Vecākais brālis Kārlis Kalniņš bija veterinārārsts Barnaulā, vēlāk docents Kazaņā.
1873. gada rudenī uzsāka studijas Tērbatas Veterinārajā institūtā (Kaiserliche Veterinair-Institut zu Dorpat), kuru pabeidza 1877. gadā. Piedalījās krievu—turku karā (1877—1878), pēc tam līdz 1886. gadam dzīvoja Bulgārijā un tiek uzskatīts par vienu no šīs valsts veterinārmedicīnas dibinātājiem.[2] Pēc tam strādāja Tērbatas bakterioloģiskajā stacijā, 1891. gadā vienlaikus ar Kristapu Helmani publicēja rakstu par ļauno ienāšu slimības intradermālo diagnostiku (К диагнозу сапа).[3]
Miris pēc inficēšanās zinātnisko eksperimentu laikā 1891. gada 6. aprīlī, apglabāts Tērbatas kapos. Viņam atklāts piemiņas akmens "Rateniekos".[4] Pēc viņa nāves 1891. gadā Kristaps Helmanis Pēterburgas Eksperimentāli medicīniskajā institūtā (Институт экспериментальной медицины) izveidoja maleīna ražotni.
Egons Dārziņš. Zemmers, Kalniņš, Helmanis: dzīve un darbi. A. Gulbis, 1934. - 238 lappuses, atkārtoti izdota 1993. gadā kā Zemmers, Kalniņš, Helmanis. Rīga: Zinātne, 1993. - 238 lpp.