Rakstos pirmoreiz minēta ap 1469. gadu. Kopš 14. gadsimta vidus - Polijas sastāvā. Pēc Polijas Pirmās dalīšanas 1772. gadā pilsēta iekļāvās Austrijas impērijā (Austroungārijā) un bija tur līdz Pirmā pasaules kara beigām, izņemot laiku no 1809. līdz 1815. gadam, kad tā ietilpa Krievijā.
Pēc Pirmā pasaules kara Zaļiščiki iekļāvās jaunizveidotajā Polijas valstī, bet upes otrajā krastā starp pasaules kariem bija Rumānijas teritorija. Pilsēta bija pazīstams kūrorts un vīnkopības centrs. Kad 1939. gadā, pēc Vācijas uzbrukuma Polijai, pamatojoties uz Molotova-Ribentropa paktu, arī PSRS no austrumiem iebruka valstī, Zaļiščiki pāris dienas bija Polijas valdības rezidence, līdz tā evakuējās uz Rumāniju. Pilsēta līdz ar apkārtējo reģionu tika iekļauta Ukrainas PSR. No 1941. gada 7. jūlija līdz 1944. gada 24. martam atradās vācu okupācijā. Vācu okupācijas laikā pilsētas ebreji tika iznīcināti. Pēc kara pilsētas poļu iedzīvotāji tika pārcelti uz Poliju. No 1991. gada - neatkarīgās Ukrainas sastāvā.