Pagājušā gadsimta sākumā Baltinavas apkaimē dzīvoja daudz pareizticīgo, kas pārsvarā bija ienākuši no Vitebskas un Pleskavas guberņas. Baznīca tika iesvētīta 1901. gadā un celta ar Baltinavas muižas īpašnieka Fjodora Agarkova atbalstu. Tā ir 19 x 8 metrus liela celtne ar četriem kupoliem un zvanu torni. Baznīca būvēta no plēstiem laukakmeņiem un apdarināta ar dekoratīvām sarkano ķieģeļu detaļām. Baznīca ir 20. gadsimta sākumam raksturīga reģionālā eklektisma celtne ar stilizētiem krievu arhitektūras apdares elementiem. Tajā savienotas senkrievu, neobizantiešu un neogotikas arhitektūras formas.
Kad 1926. gadā tika atvērta Šķilbēnu baznīca, puse no draudzes pārcēlās uz turieni. Pakāpeniski draudze ir samazinājusies, un tagad to veido daži desmiti ticīgo.