Nikolaja I valdīšanas laikā 1834. gadā viņu apcietināja par Sensimona uzskatu propagandu un izsūtīja uz Permu, pēc tam uz Vjatku. 1839. gadā Hercenam atļāva atgriezties Maskavā, kur 1840. gadā viņš sāka nodarboties ar publicistiku. 1841.—1842. gados viņu nometināja Novgorodā, tad atļāva atgriezties Maskavā. 1847. gadā, pēc tēva nāves saņēmis mantojumu, Hercens pameta Krieviju, dzīvoja Parīzē, pēc 1848. gada revolūcijas apspiešanas patvērās Šveicē. 1852. gadā pārcēlās uz dzīvi Londonā, kur 1853. gadā izveidoja "Brīvo krievu tipogrāfiju", 1857. gadā sāka izdot laikrakstu "Zvans" (Колокол), kurā darbojās arī anarhisma ideologs Mihails Bakuņins. 1865. gadā pārcēlās uz Šveici.
Miris Parīzē 1870. gadā, vēlāk pārapglabāts Nicas kapsētā.