1721. gadā šajā vietā nodibina vara ieguves rūpnīcu. 1781. gadā dibina pašu pilsētu, kuras nosaukums cēlies no vepsu — perja maa ('tālā zeme'). No 1796. gada tā bija guberņas centrs. 1781.—1798. un 1807.—1831. gadā šeit atradās Urālu rūpnīcu Kalnu pārvalde. No 1846. gada ir regulāra ūdenssatiksme pa Kamu.
Politisko izsūtījumu vieta, dažādos laikos trimdā šeit bijuši Speranskis, Hercens, Koroļenko. 1941.—1942. gadā NKVDGulaga soda nometnē Usoļlag nogalināti daudzi Latvijas sabiedriskie darbinieki. Pirmsrevolūcijas laikā Penza bija Urālu transporta, administratīvais un kultūras centrs.
2. pasaules kara laikā uz Permu tika evakuēti daudzi rūpniecības uzņēmumi. No 1940. līdz 1957. gadam pilsētas nosaukums bija Molotova (Молотов; par godu Molotovam).