Līdz 1703. gadam Kotļinas sala ietilpa Zviedru Ingrijas sastāvā. Lielā Ziemeļu kara laikā Pēteris I ieņēma salu un lika būvēt Kronštates kara bāzi. Pirmos nocietinājumus uzcēla 1704. gadā, 19. gadsimta vidū jelgavnieks Eduards Totlēbens veica papildu nocietināšanas darbus. Krievijas revolūciju laikā Kronštates jūrniekus uzskatīja par revolūcijas triecienspēku, tomēr 1921. gada martā ar lozungu "varu padomēm, nevis partijām" šeit izcēlās Kronštates sacelšanās. Sacelšanos nežēlīgi apspieda, masveidā piemērojot nāvessodus. Tomēr pēc sacelšanās Padomju Krievijā ieviesa NEP. Otrā pasaules kara laikā Kronštate palika PSRS kara flotes kontrolē. 1983. gadā, izbūvējot Sanktpēterburgas apvedceļu, Kronštati ar dambi savienoja ar sauszemi. Ilgstoši bija t.s. slēgtā pilsēta, bet 1996. gadā Kronštati ļāva apmeklēt jebkuras valsts pilsoņiem.
Kronštate ir basketbola trenera Aleksandra Gomeļska (Александр Яковлевич Гомельский, 1928—2005), dzejnieka Nikolaja Gumiļova (Николай Степанович Гумилёв, 1886—1921), fiziķa Pjotra Kapicas (Пётр Леонидович Капица, 1894—1984) un Latvijas mediķa Makša Branta (1890—1972) dzimtā pilsēta.