Dzimis Harkivas gubernatora Dmitrija Kropotkina un viņa sievas Olgas, dzimušas Borhas, ģimenē. Tēvu 1879. gadā nogalināja teroristu organizācijas "Narodnaja Voļa" kaujinieks. Nikolajs Kropotkins Krievijas valsts dienestā no 1892. gada. 1905. gada revolūcijas laikā Nikolajs Kropotkins aktīvi aizstāvēja apkārtnes muižnieku un mācītāju intereses. No 1907. līdz 1912. gadam bija Kurzemes guberņas vicegubernators, bet no 1912. līdz 1915. gadam — Vidzemes guberņas vicegubernators.
Tēvs caur laulībām ar Olgu Borhu bija ieguvis īpašumā Siguldas muižu ar Siguldas Jauno pili. Nikolajs to mantoja 1898. gadā līdz ar mātes nāvi. Enerģiski attīstīja Siguldu kā kūrortu, reklamējot to kā "Vidzemes Šveici". Izbūvēja viesnīcu, kamaniņu trasi, pastaigu takas un citu infrastruktūru, tai skaitā izmantojot naudu no zemnieku zemju izpirkšanas.
Iskolata varas laikā 1917. gadā aizbēga uz Krieviju, tomēr 1918. gadā atgriezās Latvijā, ko tolaik bija okupējusi Vācija. 1919. gadā pieslējās Bermonta-Avalova armijai un iestājas pret Latvijas neatkarību. Agrārās reformas gaitā Kropotkina īpašumi, to skaitā pils, tika atsavināta par labu valstij.
1920. gadā atstāja Latviju. Miris Berlīnē. Izpildot viņa vēlēšanos, 2014. gada jūnijā pārapbedīts dzimtas kapos Siguldā.[1]