1969. gadā Groningenā kļuvis par Eiropas junioru vicečempionu šahā. Pēc gada debitējis PSRS šaha čempionāta finālā Rīgā.[1] Kopumā PSRS čempionātu finālos piedalījies 11 reizes, bet 1989. gadā Odesā kļuvis par PSRS čempionu šahā.[2] 1971. gadā turnīrā Vrnjačka Banjā (Dienvidslāvija, tagad Serbija) izpildījis lielmeistara normu (GM). 1989. gadā Vaganjanam piešķirts PSRS nopelniem bagātā sporta meistara nosaukums.
Vairākkārt piedalījies Pasaules šaha čempiona nosaukuma ciklos. Visveiksmīgākais bijis starpzonu turnīrs 1985. gadā Bīlē (Šveice), kurā Vaganjans kļuvis par uzvarētāju un iekļuvis pretendentu turnīrā.[3] Tajā pašā gadā pretendentu turnīrā Monpeljē ierindojies 2. vietā, iekļūstot pretendentu mačos.[4] 1986. gadā Minskā pretendentu maču pusfinālā zaudējis Andrejam Sokolovam ar 2:6.[5] Nākamajā pretendentu maču ciklā jau 1. kārtā zaudējis Lajošam Portišam ar 2½:3½.[6] Vēlāk piedalījies arī FIDE Pasaules čempionātos pēc izslēgšanas sistēmas (1997, 2000, 2001, 2004), taču tālāk par sacensību 2. kārtu nav ticis.
PSRS un Armēnijas izlašu sastāvos sekmīgi piedalījies šaha komandu sacensībās:
Pasaules šaha olimpiādēs piedalījies 9 reizes (1978, 1984, 1986, 1992, 1994, 1996, 1998, 2000, 2004). Komandu kopvērtējumā izcīnījis 2 zelta (1984, 1986), sudraba (1978) un 2 bronzas (1992, 2004) medaļas, bet individuālā vērtējumā - 2 zelta (1984, 2004) un sudraba (1984) medaļas;
Pasaules komandu šaha čempionātos piedalījies 6 reizes (1985, 1989, 1993, 1997, 2001, 2005). Komandu kopvērtējumā izcīnījis 2 zelta (1985, 1989) un 3 bronzas (1997, 2001, 2005) medaļas, bet individuālā vērtējumā - 2 zelta (1985, 1989) un sudraba (2001) medaļas;
Eiropas komandu šaha čempionātos piedalījies 6 reizes (1980, 1983, 1989, 1992, 1997, 2005). Komandu kopvērtējumā izcīnījis 3 zelta (1980, 1983, 1989) un bronzas (1997) medaļas, bet individuālā vērtējumā - zelta (1997) un 2 bronzas (1980, 1983) medaļas;
Pasaules studentu komandu šaha čempionātos piedalījies 4 reizes (1972, 1974, 1976, 1977), un visas reizes bijis uzvarētājs gan komandu, gan individuālā vērtējumā.
