Dzimis 1870. gada 22. (9.) augustā Durbes pagasta "Ķiviļos" galdnieka ģimenē.[1] Mācījās Durbē privātskolā, tad Liepājas Nikolaja ģimnāzijā (1886—1890). Studēja medicīnu Tērbatas universitātē (1890—1895), iestājās studentu korporācijā Lettonia. Pēc diploma iegūšanas bija ārsts Lazdonā (1896–1897), tad karaklausībā (1897—1903) Koveļā, Volīnijas guberņā. Ieguva kara ārsta profesiju Pēterburgas Kara medicīnas akadēmijā (1903—1907), līdztekus piedalījās Krievijas-Japānas karā (1904—1905).[2]
1907. gadā atgriezās dzimtenē, bija kara ārsts Liepājā (1907–1910). Liepājas slimnīcu komisijas vadītājs (1910—1914), Liepājas latviešu biedrības priekšnieks, ķirurģijas privātklīnikas vadītājs (1912—1914).
Pirmā pasaules kara laikā kara ārsts dažādās vietās (1914—1918). Pēc Brestļitovskas miera līguma noslēgšanas 1918. gadā atgriezās Liepājā, kur strādāja par pilsētas slimnīcas virsārstu. Latvijas brīvības cīņu laikā bija Latvijas Apsardzības ministrijas Sanitārās daļas priekšnieks, vēlāk Landesvēra latviešu daļu kara ārsts, Lejaskurzemes kara apgabala vecākais ārsts pulkvedis (1919—1920).
Latvijas Universitātes Medicīnas fakultātes docents (1920), profesors (1924), pirmais ķirurģijas katedras vadītājs, Medicīnas fakultātes dekāns (1931—1933). Latviešu ārstu biedrības priekšnieks (1929—1932). Latvijas Ārstu Žurnāla dibinātājs un izdevējs (1923—1939, 1942—1944). Kauņas universitātes goda doktors (1933).
Otrā pasaules kara beigās 1944. gadā devās bēgļu gaitās uz Vāciju, 1948. gadā uz Angliju.
Miris 1957. gada 7. martā Londonā.
Krievijas impērijas armijas ārsts Koveļā, Volīnijas guberņā (A. Epšteins, 1899)
Jēkabs Alksnis un Pāvils Mucenieks Rīgas pilsētas 1. slimnīcas palātā (pirms 1928)
Jēkabs Alksnis un Jānis Jēgermanis Rīgas pilsētas 1. slimnīcas palātā (pirms 1928)