SARS-CoV-2 vīruss

Vikipēdijas lapa
(Pāradresēts no 2019-nCoV)
Jump to navigation Jump to search
SARS-CoV-2 vīruss
2019-nCoV
2019. gada Jaunais koronavīruss
SARS-CoV-2 vīruss 2019-nCoV 2019. gada Jaunais koronavīruss
Klasifikācija
ValstsVīrusi
DzimtaKoronavīrusi
ĢintsBētakoronavīrusi
Sinonīmi
2019-nCoV, Uhaņas koronavīruss
Izplatība
Ķīna, Japāna, Dienvidaustrumāzijas u.c. valstis
Izcelsmes vieta
Uhaņa, Ķīna
SARS-CoV-2 vīruss
2019-nCoV
2019. gada Jaunais koronavīruss Vikikrātuvē
Šis raksts ir par 2019. gada jauno koronavīrusu. Par tā izraisītās slimības uzliesmojumu pasaulē skatīt rakstu COVID-19 pandēmija.
SARS-CoV-2 vīrusu (sārtā krāsā) attēls, kas iegūts ar elektronmikroskopa palīdzību (NIAID Rocky Mountain Laboratories, ASV).
Koronavīrusa iekļūšana un replikācija dzīvnieku šūnā.

SARS-CoV-2 vīruss (angļu: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 — 'Smagā akūtā respiratorā sindroma koronavīruss 2') jeb 2019-nCoV (2019 Novel Coronavirus — '2019. gada Jaunais koronavīruss'), sarunvalodā arī Uhaņas koronavīruss, ir pozitīvas (+) vienpavediena ribonukleīnskābes (RNS) vīruss, kas 2019. gada nogalē sāka strauji izplatīties no kāda zivju tirgus Uhaņā, Ķīnā. Janvāra vidū tas izkļuva no Ķīnas un divu mēnešu laikā inficēja ļoti lielu skaitu cilvēku gandrīz visās pasaules valstīs, izraisot COVID-19 pandēmiju.

Tas pieder pie koronavīrusu grupas, kas var izraisīt gan vieglas elpceļu infekcijas, gan smagu saslimšanu ar nopietnām komplikācijām (smagu akūtu respiratoro sindromu jeb pneimoniju, nieru mazspēju) un pat nāvi. Nopietnas epidēmijas iepriekš ir izraisījuši arī tam radniecīgie SARS un MERS koronavīrusi.[1]

Vīrusa struktūra[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]

Koronavīrusi ir apaļas, ovālas un neregulāras formas apvalkotas daļiņas ar diametru 60 -140 nm[2]. Vīrusa daļiņu veido četru dažādu veidu strukturālie proteīni — pīķa proteīni (S), apvalka proteīni (E), matriksa proteīni (M) un nukleoproteīni (N). Vīrusa apvalku veido M un E proteīni, un no apvalka virsmas kā pīķi uz ārpusi ir vērsti S proteīni. S proteīni ir atbildīgi par vīrusa spēju piesaistīties pie receptora uz mērķa šūnas. Vīrusa daļiņas iekšienē atrodas nukleokapsīda, kuru veido nukleoproteīnos iepakots vīrusa RNS genoms. Sars-CoV-2 genoma kopējais garums ir apmēram 30 kbp, kas ir vislielākais starp (+) vienpavediena RNS vīrusiem[2].

Replikācija[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]

Sars-CoV-2 mērķa šūnas cilvēka organismā ir plaušās atrodamie otrā tipa pneimocīti[3]. Kā receptoru piesaistei pie mērķa šūnas vīruss izmanto angiotenzīnu konvertējošo enzīmu 2 (ACE2)[4]. Parādīts, ka pēc vīrusa S proteīna piesaistīšanās pie ACE2, transmembrānas proteāze TMPRSS2 šķeļ S proteīna/ACE2 kompleksu, nodrošinot vīrusa iekļūšanu šūnā[5]. Ir pierādījumi, ka TMPRSS2 ir nozīmīgs faktors, kas nodrošina vīrusa iekļūšanu šūnā un TMPRSS2 aktivitātes nomākšana ar proteāzes inhibitoru varētu tikt izmantota kā terapeitiska stratēģija[5]. Pēc iekļūšanas šūnā vīrusa RNS genoms kalpo par matricu proteīnu sintēzei saimniekšūnas ribosomās. Koronavīrusiem ir raksturīgs divu pakāpju replikācijas process. Vīrusa RNS genoms kodē vienu garu poliproteīnu, kurš pēc translācijas no ribosomām ir jāsašķeļ, lai iegūtu atsevišķus vīrusa proteīnus. Koronavīrusu gadījumā šūnas ribosomas no pieejamajiem nolasīšanas rāmjiem vīrusa RNS genomā vispirms translē divus poliproteīnus, kuri pēc tam tiek sašķelti vairākos atsevišķos nestrukturālos proteīnos. Daļa no nestrukturālajiem proteīniem pēc tam savācas kompleksā, kas nodrošinās gan īsāku mesendžera RNS molekulu sintēzi, kuras tiks izmantotas vīrusa strukturālo proteīnu translācijai, gan arī vīrusa RNS genoma replikāciju[6]. Vīrusa replikācija noslēdzas ar virionu savākšanos, kuri vezikulās tiek transportēti uz šūnas virsmu un atbrīvoti no šūnas eksocitozes ceļā[6].

COVID-19 pandēmija[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]

Pamatraksts: COVID-19 pandēmija

Inficēšanās ar Sars-CoV-2 vīrusu izraisa slimību COVID-19. Pirmie saslimšanas simptomi novēroti kādai personai jau 2019. gada 1. decembrī. Pēc trim nedēļām, 2019. gada 31. decembrī, par saslimšanas gadījumiem Ķīna ziņoja Pasaules Veselības organizācijai.[7] 2019-nCoV infekcijas avots (rezervuārs) pagaidām nav zināms[8], taču dati liecina, ka dabīgais rezervuārs varētu būt sikspārņi[9]. Ir apstiprināta 2019-nCoV pārnešana no cilvēka uz cilvēku, infekcijai raksturīgs pilienu un kontakta izplatīšanās ceļš. Nozīmīgs inficēšanās ziņā ir tuvs kontakts bez aizsargmasku lietošanas un roku nemazgāšana pēc tualetes apmeklējuma.[10]

Slimības pazīmes[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]

Pamatraksts: COVID-19

2019. gada koronavīrusa slimības (COVID-19) inkubācijas periods ir no 2 līdz 14 dienām.[11] Vidējais inkubācijas periods ir 5,1 diena. Galvenie simptomi ir drudzis (90% gadījumu), nogurums un sauss klepus (80%),[12] kā arī apgrūtināta elpošana (20%).[12] Daļai inficēto simptomi var būt ļoti viegli vai neparādās vispār. Smagos gadījumos vīruss izraisa plaušu karsoni.[13] Slimība parasti nav nāvējoša, ja inficētajam nav kāda hroniska slimība un novājināta imūnsistēma.[14][15]

Slimības ilgums parasti ir no 2 līdz 6 nedēļām. Par imunitātes ilgumu pēc saslimšanas precīzu ziņu pagaidām nav, bet tiek pieļauts, ka tā ir īslaicīga. Lielākā daļa smagāko gadījumu un mirušo ir vecumā virs 50 gadiem. Pieejamie dati par Covid-19 mirstību Uhaņas pilsētā Ķīnā, kur tika reģistrēts pirmais saslimšanas gadījums, liecina, ka no simptomātiskajiem saslimšanas gadījumiem 1.4% bija letāli[16].

Transmisija[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]

Vīrusa izplatības spēju var raksturot ar reprodukcijas indeksu R0. Šis skaitlis norāda, cik veselus cilvēkus viens inficēts cilvēks aplipina. Pasaules Veselības Organizācijas aplēses liecina, ka Sars-CoV-2 R0 ir 1.4 -2.5[3]. Sars-Cov-2 transmisija visbiežāk notiek gaisa pilienu veidā īsās distancēs[3]. Balstoties uz informāciju par citiem Sars-CoV-2 radniecīgajiem bētakoronavīrusiem, vīruss var izdzīvot uz metāla, plastmasas un citām virsmām no divām stundām līdz pat deviņām dienām[17]. Temperatūrai paaugstinoties virs 30oC vīrusa izdzīvotība uz virsmām samazinās[17]. Virsmu dezinfekcija ar etanolu un nātrija hipohlorītu ir pietiekama vīrusa inaktivācijai[17].

Dabīgais rezervuārs[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]

Pirmie cilvēku inficēšanās gadījumi ar Sars-CoV-2 bija saistīti jūrasvelšu tirgu Uhaņas pilsētā, Ķīnā, kurā tiek tirgoti svaigi dažādu savvaļas dzīvnieku produkti. Kaut arī tiek pieņemts, ka šis tirgus ir pirmā vieta, kur Sars-CoV-2 pirmo reizi šķērsoja sugu robežu un inficēja cilvēku, joprojām nav pilnīgi skaidrs, vai tiešām šī ir vīrusa izcelsmes vieta, un no kāda dzīvnieka ir notikusi transmisija. Salīdzinot Sars-Cov-2 genoma sekvenci ar citām pieejamajās Sars-CoV vīrusu genomu sekvencēm, tika konstatēts, ka vislielākā līdzība Sars-CoV-2 ir ar diviem sikspārņu vīrusiem[9]. Neskatoties uz šiem pierādījumiem par izcelsmi no sikspārņiem, ir iespējams, ka pirms cilvēka inficēšanas, jaunajam Sars-CoV-2 vīrusam ir bijis vēl kāds starpsaimnieks. Kādā pētījumā ir uzskaitīti četri iemesli, kas dod pamatu šaubām par sikspārņiem, kā tiešo dabīgo Sars-CoV-2 rezervuāru[18]: 1) lielākā daļa sikspārņu sugu Uhaņas apkārtnē decembra beigās atrodas ziemas guļā; 2) Uhaņas tirgū netika tirgoti un netika atrasti produkti no sikspārņiem; 3) Sars-CoV-2 genoma sekvences līdzība ar diviem visradniecīgākajiem sikspārņu vīrusiem ir zemāka par 90%; 4) zināms, ka citiem cilvēkiem infekcioziem koronavīrusiem, kas iegūti no sikspārņiem, ir bijis starpsaimnieks pirms cilvēka inficēšanās, proti, Himalaju palmciveta ir starpsaimnieks Sars-CoV, bet vienkupra kamielis Mers-CoV vīrusiem. Vēlākā pētījumā Sars-CoV-2 ļoti radniecīgs vīruss tika atklāts zvīņnešos, identificējot tos kā potenciālos starpsaimniekus[19]. Tomēr ir nepieciešami turpmāki pētījumi, lai apstiprinātu sikspārņus kā Sars-CoV-2 dabīgo rezervuāru un zvīņnešus kā starpsaimniekus.

Vīrusa mutācijas[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]

Islandes genotipēšanas kompānijas DeCode ģenētikas direktors Kī Ri Stefansons skaidroja, ka Islandes COVID-19 slimniekiem ir atklātas aptuveni 40 dažādas Covid-19 mutācijas, bet viena indivīda paraugā ir atkātas divas koronavīrusa variācijas vienlaikus. SARS-CoV-2 vīrusa ģenētiskā dažādība norāda, ka tas Islandē ieradies no vairākiem avotiem.[20]

Skatīt arī[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]

Atsauces[labot šo sadaļu | labot pirmkodu]

  1. Informācija par koronavīrusa (2019-nCoV) izraisīto uzliesmojumu. Latvijas Republikas Veselības ministrija. 03.02.2020
  2. 2,0 2,1 Marco Cascella, Michael Rajnik, Arturo Cuomo, Scott C. Dulebohn, Raffaela Di Napoli. StatPearls. Treasure Island (FL) : StatPearls Publishing, 2020.
  3. 3,0 3,1 3,2 Rabi, Firas A.; Al Zoubi, Mazhar S.; Kasasbeh, Ghena A.; Salameh, Dunia M.; Al-Nasser, Amjad D. (2020/3). "SARS-CoV-2 and Coronavirus Disease 2019: What We Know So Far" (en). Pathogens 9 (3): 231. doi:10.3390/pathogens9030231.
  4. Wrapp, Daniel; Wang, Nianshuang; Corbett, Kizzmekia S.; Goldsmith, Jory A.; Hsieh, Ching-Lin; Abiona, Olubukola; Graham, Barney S.; McLellan, Jason S. (2020-03-13). "Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation" (en). Science 367 (6483): 1260–1263. doi:10.1126/science.abb2507. ISSN 0036-8075. PMID 32075877.
  5. 5,0 5,1 Hoffmann, Markus; Kleine-Weber, Hannah; Schroeder, Simon; Krüger, Nadine; Herrler, Tanja; Erichsen, Sandra; Schiergens, Tobias S.; Herrler, Georg et al. (2020-03-05). "SARS-CoV-2 Cell Entry Depends on ACE2 and TMPRSS2 and Is Blocked by a Clinically Proven Protease Inhibitor" (en). Cell. doi:10.1016/j.cell.2020.02.052. ISSN 0092-8674.
  6. 6,0 6,1 Fehr, Anthony R.; Perlman, Stanley (2015). "Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis". Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 1282: 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISSN 1064-3745. PMC 4369385. PMID 25720466.
  7. «Pneumonia of unknown cause – China. Disease outbreak news». Pasaules Veselības organizācija. 2020. gada 5. janvāris. Arhivēts no oriģināla, laiks: 2020. gada 7. janvāris. Skatīts: 2020. gada 6. janvāris.
  8. Jauna koronovīrusa izraisītais uzliesmojums Ķīnas pilsētā Uhaņā (Wuhan), Slimību profilakses un kontroles centrs. Atjaunināts: 2020. gada 24. janvārī.
  9. 9,0 9,1 «SARS-CoV-2: an Emerging Coronavirus that Causes a Global Threat». www.ijbs.com (angļu). Skatīts: 2020-04-03.
  10. Pētnieki atklāj jaunu veidu, kā var inficēties ar koronavīrusu "Covid-19" apollo.lv 2020. gada 25. februārī
  11. «Symptoms of Novel Coronavirus (2019-nCoV)». Centers for Disease Control and Prevention (CDC). 2020. gada 31. janvāris. Skatīts: 2020. gada 2. februāris. (angliski)
  12. 12,0 12,1 «Experts explain the latest bulletin of unknown cause of viral pneumonia». Wuhan Municipal Health Commission. 2020. gada 11. janvāris. Arhivēts no oriģināla, laiks: 2020. gada 11. janvāris. Skatīts: 2020. gada 11. janvāris.
  13. Jaunais koronavīruss Ķīnā: kas par to zināms?, tvnet.lv. Atjaunināts: 2020. gada 24. janvārī.
  14. «WHO Director-General's statement on the advice of the IHR Emergency Committee on Novel Coronavirus». who.int. (angliski)
  15. Risks ir zems, bet arī Latvijā aicina būt vērīgiem jaunā koronavīrusa dēļ, apollo.lv. Atjaunināts: 2020. gada 24. janvārī.
  16. Wu, Joseph T.; Leung, Kathy; Bushman, Mary; Kishore, Nishant; Niehus, Rene; de Salazar, Pablo M.; Cowling, Benjamin J.; Lipsitch, Marc et al. (2020-03-19). "Estimating clinical severity of COVID-19 from the transmission dynamics in Wuhan, China" (en). Nature Medicine: 1–5. doi:10.1038/s41591-020-0822-7. ISSN 1546-170X.
  17. 17,0 17,1 17,2 Kampf, G.; Todt, D.; Pfaender, S.; Steinmann, E. (2020-03-01). "Persistence of coronaviruses on inanimate surfaces and their inactivation with biocidal agents" (English). Journal of Hospital Infection 104 (3): 246–251. doi:10.1016/j.jhin.2020.01.022. ISSN 0195-6701. PMID 32035997.
  18. Lu, Roujian; Zhao, Xiang; Li, Juan; Niu, Peihua; Yang, Bo; Wu, Honglong; Wang, Wenling; Song, Hao et al. (2020-02-22). "Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding" (English). The Lancet 395 (10224): 565–574. doi:10.1016/S0140-6736(20)30251-8. ISSN 0140-6736. PMID 32007145.
  19. Lam, Tommy Tsan-Yuk; Shum, Marcus Ho-Hin; Zhu, Hua-Chen; Tong, Yi-Gang; Ni, Xue-Bing; Liao, Yun-Shi; Wei, Wei; Cheung, William Yiu-Man et al. (2020-02-18). "Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China" (en). bioRxiv: 2020.02.13.945485. doi:10.1101/2020.02.13.945485.
  20. Islandē konstatētas Covid-19 mutācijas lsm.lv 2020. gada 25. martā