Otrā pasaules kara beigās 1945. gadā Gordons Kūpers iestājās ASV Jūras kājniekos, bet karadarbībā nepiedalījās, 1946. gadā atvaļinājās no armijas un devās uz Havaju salām, kur dzīvoja viņa vecāki. Tur viņš iestājās Havaju Universitātē. 1947. gadā apprecējās.
1949. gadā Kūpers iestājās dienestā Gaisa spēkos. 1950. gada viņu nosūtīja uz Rietumvāciju, kur lidoja ar F-84 Thunderjet un F-86 Sabre lidmašīnām. 1954. gadā atgriezās ASV, kur Ohaio iestājās Gaisa spēku tehnoloģiju institūtā. 1957. gadā ieguva bakalaura grādu aerokosmiskajā inženierijā. Kūpers tika nosūtīts uz Eksperimentālo izmēģinājumlidojumu skolu Edvardsa Gaisa spēku bāzēKalifornijā. Pēc tās beigšanas viņš dienēja Izmēģinājumlidojumu inženierijas divizionā Edvardsā par izmēģinātājpilotu un projektu menedžeri, testējot F-102A un F-106B.
Savu pirmo kosmisko lidojumu Kūpers veica 1963. gada 15. maijā, pilotējot kosmosa kuģi Mercury-Atlas 9 (Faith 7). Lidojums ilga 34 stundas 19 minūtes. 1965. gada augustā Gordons Kūpers veica otru lidojumu kosmosa kuģī Gemini 5 kopā ar Čārlzu Konrādu.
1970. gada 31. jūlijā Kūpers atstāja NASA un atvaļinājās no Gaisa spēkiem pulkveža pakāpē.
Pēc NASA atstāšanas Kūpers bija dažādu korporatīvo padomju loceklis, kā arī tehniskais konsultants. 1972. gadā viņš apprecējās otrreiz. 1967. gadā Gordons Kūpers saņēma goda zinātņu doktora grādu Oklahomas valsts universitātē.
Mūža nogalē Kūpers cieta no Pārkinsona slimības un mira 2004. gada 4. oktobrī no sirdstriekas.